Дельта штамм коронавируса что это

(c) Управление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека по Красноярскому краю, 2006-2021 г.

Адрес: 660049, г.Красноярск, ул. Каратанова, д. 21

Тел.: 8 (391) 226-89-50 (многоканальный), 8 (495) 380-28-43 (для звонков из Москвы). Телефон «горячей линии»: 8 (391) 226-89-50, Телефон доверия по вопросам противодействия коррупции: 8 (391) 226-89-93, факс: 8 (391) 226-90-49

Источник

Так ли страшны новые штаммы? Ответы на самые важные вопросы о мутациях коронавируса

Появление новых штаммов коронавируса, имеющих необычные свойства, вызывают тревогу людей во всем мире. Руководитель научной группы разработки новых методов диагностики заболеваний человека Центрального научно-исследовательского института эпидемиологии Роспотребнадзора Камиль Хафизов рассказал о том, что сейчас известно о мутациях COVID-19 и нужно ли будет ежегодно от него прививаться, как мы это делаем в случае с гриппом.

— Сколько всего штаммов коронавируса выявлено на сегодняшний день в мире?

— В первую очередь стоит обратиться к определению штамма вируса как некоторого варианта патогена, который обладает уникальными и стабильными фенотипическими характеристиками. При этом стоит отметить, что вирусы, особенно РНК-содержащие, постоянно мутируют, перебирая разные варианты изменений в геноме, и даже внутри одного человека может содержаться множество версий одного вируса, отличающихся отдельными изменениями в геноме, которые далеко не всегда приводят к образованию нового штамма.

Варианты SARS-CoV-2 циркулируют во всем мире, и после появления некоторые варианты довольно быстро исчезают, другие, наоборот, закрепляются в популяции, процесс динамический. Сколько всего штаммов нового коронавируса существует в природе на данный момент, неизвестно, в том числе из-за размытости самого понятия и факта того, что свойства многих геновариантов вируса пока не изучены.

Так, популярный ресурс PANGO lineages выделяет значительное число отдельных линий патогена, и различные организации во всем мире изучают варианты вируса, чтобы понять, являются ли они более контагиозными, изменяющими тяжесть течения заболевания, детектируемыми доступными диагностическими тестами, отвечающими на терапию, изменяющими эффективность вакцин против COVID-19 и т.п. Потому куда чаще термин «штамм» используется для каких-то особо интересных вариантов патогена, как, например, британского или южноафриканского, которые характеризуются ключевыми изменениями в геноме и имеют важные (часто выгодные патогену) свойства. Так, было введено понятие VoC (от англ. Variants of Concern. — Прим. ред.) — «варианты, вызывающие беспокойство», к которым сейчас причисляют несколько штаммов, включая вышеперечисленные.

— Сколько из них есть в России?

— Строгого ответа нет. Какая-то доля всех штаммов коронавируса, которые распространяются на планете, есть уже и в России, какие-то будут завезены в будущем, какие-то появятся у нас в стране независимо. Ученые во многих лабораториях в мире и в нашей стране сейчас проводят активную работу по секвенированию геномов патогена из различных регионов, чтобы как можно быстрее выявлять новые варианты, мониторить скорость их распространения, устанавливать источники заносов из-за рубежа, определять свойства, корректировать тест-системы в случае необходимости. Из известных штаммов в РФ были выявлены британский, южноафриканский, индийский и несколько локальных.

— Какие штаммы коронавируса самые опасные и проникают внутрь всего организма, а какие — наоборот?

— Как уже говорил выше, само определение штамма подразумевает новые стойкие свойства патогена. Чаще всего приходится иметь дело либо с повышенной заразностью вируса (как, например, в случае с британским штаммом, который, по различным оценкам, примерно на 50% более заразен, чем другие, «старые» версии), либо же со снижением эффективности связывания с нейтрализующими антителами, возникшими после вакцинации или перенесенного ранее заболевания (так в случае с южноафриканским вариантом).

При этом сразу хотел бы отметить, что уменьшение эффективности вовсе не означает отсутствие защиты, но она может быть несколько снижена. В любом случае всячески выступаю за вакцинацию, которая если и не защитит на 100% от заболевания, то может кардинально снизить тяжесть его протекания.

— Какие штаммы наиболее всего распространены в Москве, какими больше всего болеют в России?

— За последнее время мы видим несколько сотен завозов британского штамма как по России, так и в Москве, что вполне ожидаемо ввиду его свойств. Появляются и некоторые локальные российские версии вируса, у которых встречаются мутации в геноме, характерные для британского и южноафриканского вариантов, но пока преждевременно говорить о том, что они действительно обладают какими-то особыми для людей свойствами. По этой же причине мы не хотели бы сейчас раздавать новые имена таким вариантам, по крайней мере до накопления достаточного объема данных.

— От всех ли штаммов болезнь длится одинаково или есть разница?

— В какой-то момент появилась информация, что пациенты с британским вариантом инфекции болеют тяжелее, и летальность в таких случаях выше. Это впоследствии было опровергнуто другими исследованиями, и с тех пор я не видел новой информации. Похожая информация появлялась и про калифорнийский вариант.

Нужно отметить, что тяжесть протекания заболевания зависит от множества факторов, и, как известно, многие вообще переносят болезнь бессимптомно, кто-то же крайне тяжело. Такие факторы, как наличие сопутствующих заболеваний, общее состояние организма, возраст, играют существенно большую роль в развитии тяжелой болезни, чем наличие мутаций в геноме патогена, по крайней мере известных на данный момент.

— Может ли бы такое, что к одному штамму коронавируса у человека есть иммунитет, а к другому нет?

— Перенесенная ранее коронавирусная инфекция или вакцинация в норме вызывают иммунный ответ, и в результате в организме появляются нейтрализующие антитела, хотя защита обусловлена не только ими, потому не стоит пугаться, даже если уровень антител невысок или падает. Но да, мы уже знаем, что ряд мутаций в геноме нового коронавируса приводит к изменениям в структуре его белков, придавая патогену новые свойства, иногда удачные для патогена, в том числе с точки зрения снижения связывания нейтрализующими антителами. Потому точно ответить, что к одному штамму у человека есть иммунитет, а к другому нет, нельзя, но эффективность защиты может быть разной, в зависимости от того, с каким новым вариантом вируса вновь встретился пациент.

В связи с этим достаточно вероятна ситуация, что вакцины против нового коронавируса придется периодически обновлять и иммунизироваться ежегодно, как это сейчас происходит с тем же вирусом гриппа. Думаю, к осени мы накопим достаточное количество данных по эффективности существующих вакцин против новых штаммов. Потому еще раз говорю: на данный момент известных причин избегать вакцинации нет, если только нет прямых противопоказаний по состоянию здоровья.

Источник

Альфа, дельта, омикрон: откуда у коронавируса столько штаммов и почему не все из них опасны

COVID-19 регулярно мутирует и не всегда понятно, будут ли против него эффективны средства, которыми мы пользовались еще вчера. Ученые следят за новыми мутациями, чтобы заранее изучить их и предугадать, какой вред они потенциально могут нанести. «Хайтек» разбирается, как появляются мутации и от чего они зависят.

Читайте «Хайтек» в

Опасные штаммы коронавируса называют в честь букв греческого алфавита. Мы уже на «омикроне» — до конца осталось всего девять. Это значит, что коронавирус мутирует быстро? Если да, то увеличивается ли эта скорость? И почему какие-то мутации сохраняются и начинают распространяться, а другие нет?

Как появляются мутации?

После попадания в организм вирус начинает процесс репликации — происходит он только внутри живой клетки и засчет ее ресурсов. Поэтому после попадания внутрь вирус удваивает свою РНК. Во время этого сложного процесса, который состоит из нескольких шагов, могут возникать ошибки. Например, самые популярные — перестановка нуклеотидов, замена одного на другой. Это называют точечной мутацией. При удвоении РНК возможны потери небольших последовательностей или, наоборот, вставка.

Вирус старается исправить ошибки при размножении, но не всегда это получается. С другой стороны, если новая мутация помогает проникать в организм быстрее или лучше распространяться, то она может закрепиться.

Все мутации опасны. Это так или нет?

Нет, это не так. Вирусы часто мутируют, но не всегда успешно. Обычно, когда мы говорим о естественном отборе, то думаем о новых мутациях, которые имеют преимущество и распространяются, например, как альфа- и дельта-варианты COVID-19. Это называется положительный отбор.

Но большая часть мутаций вредит вирусу и ухудшает вероятность его выживания — это очищающие мутации или отрицательный отбор. Они не сохраняются в организме достаточно долго, чтобы их можно было секвенировать. Из-за этого их часто не учитывают при оценке количества генетических изменений.

При большом количестве мутаций повышается и число тех, которые дают вирусу преимущество. В августе 2021 года ученые из университетов Бата и Эдинбурга выяснили, что частота мутаций вируса COVID-19 стала на 50% выше. Ранее считалось, что вирус мутирует примерно раз в две недели.

Авторы отметили, что если пациент страдает от COVID-19 более нескольких недель, то вирус может эволюционировать. Подробнее об этом мы поговорим в следующей главе.

Я слышал, что ВИЧ повлиял на мутации COVID-19, каким образом?

Да, это правда. Но связь не так очевидна, поэтому надо понять, как образуются такие мутации. Влияние ВИЧ на COVID-19 начали активно обсуждать после появления B.1.1.529 или омикрон-штамма, который вызывает опасение у мирового сообщества.

Этот штамм произошел не от дельта-варианта, а от другой, еще более ранней разновидности COVID-19. Это необычная ситуация, так как новые штаммы образуются с небольшим определенным набором мутаций. Такие изменения в геноме вируса происходят, когда он естественным образом передается от человека к человеку.

В случае с омикроном ситуация другая — у него очень много мутаций. Их около 50 в самом геноме, от этого числа 35 — в S-белке и 10 находятся в области, контактирующей с рецептором ACE2. У других штаммов, например, у бета, в этой же области всего три мутации, а у дельты — две. Это говорит о том, что вирус не передавался, а наоборот находился в организме одного человека с иммунодефицитом. Предположительно, с ВИЧ. Дело в том, что иммунная система человека, переносящего ВИЧ, может не до конца победить вирус и он будет развиваться внутри организма неделями или месяцами.

Поэтому во время размножения вируса самые слабые частицы погибают, а быстрые и адаптированные начинают изменяться, чтобы быть устойчивыми к иммунитету. Пока что это только теория, но она объясняет, почему омикрон произошел от исходного штамма В.1.1. Сегодня его уже практически нет среди новых случаев.

Пока что исследований о корреляции между уровнем инфицирования ВИЧ и заболеваемостью COVID-19 не было, но можно отметить, что в Африке, где впервые нашли омикрон-штамм, также высокий уровень заболеваемости ВИЧ/СПИДа. Новый вариант COVID-19 нашли в Ботсване, в которой сейчас эпидемия — с вирусом живет каждый пятый человек в возрасте от 15 до 49 лет.

Как понять насколько опасен штамм и поможет ли от него вакцина?

Это достаточно сложный вопрос. Сперва нужно понять, опасен ли штамм. Для этого у больных делают забор образцов слизистой и расшифровывают геном возбудителя.

Дальше эту информацию переносят в общие базы данных и сравнивают. Например, в базе GISAID больше 2 млн геномов коронавируса со всего мира. Там есть трекер, визуализирующий, какой вариант в какой стране выявили. Также исследователи опубликовали эволюционное древо коронавируса — этим занимается проект Nextstrain. В зависимости от характеристик найденного штамма и его распространенности ученые делают вывод о его опасности.

После этого нужно понять, сработают ли существующие вакцины от нового штамма. Чтобы выяснить это, можно, например вести статистику в месте массового распространения штамма и смотреть на изменения в соотношении заболеваемости (есть ли всплеск), рост смертности, а также как меняются типичные симптомы, которые выявляют у пациентов.

Возьмем для примера «Спутник V». В основе вакцины есть S-белок, который изменяется при мутации. Значит нужно заменить его на новый образец. Дальше белок необходимо упаковать в оболочку аденовируса. Еще требуется время на наработку вакцины.

Еще одна популярная конфигурация — это мРНК-вакцины. Это более инновационный биотехнологический подход, который превращает клетки организма в молекулярные фабрики для производства белков. А они, в свою очередь, активируют специфический для патогенов иммунный ответ. Например, в BioNTech и Pfizer разрабатывают вакцину каждый раз при появлении новых штаммов вируса — это часть их стандартной процедуры.

Но после того, как вакцина адаптирована, ее нужно снова протестировать и сертифицировать. Несмотря на то, что есть упрощенные схемы этих процедур, на все уходит время. Глава Moderna заявил, что на разработку новой вакцины могут потребоваться месяцы.

Пандемия показала, как важно иметь четкий и отработанный алгоритм действий в случае появления нового вируса или опасного штамма. Пока что все процедуры выявления, подготовки и разработки препаратов выглядят разрозненно, поэтому занимают много времени и не всегда эффективны.

Источник

Заражает быстрее, убивает чаще. Что мы знаем о дельта-штамме коронавируса

Сверхзаразность

Главное отличие варианта B.1.617.2 — так называется дельта-штамм в филогенетической классификации разновидностей коронавируса — его невероятная заразность.

По оценкам ученых из Великобритании, куда дельта пришел раньше остальных европейских стран (и где, в отличие от континентальной Европы, очень бодро сняли существенную часть ковидных ограничений), «индиец» заражает людей на 60% лучше предыдущего рекордсмена, альфа-штамма, который, в свою очередь, был на 50% заразнее других версий SARS-CoV-2.

По предварительным оценкам, заразность дельта-штамма сравнима с заразностью ветрянки.

У ранних версий этот параметр находился на уровне обычных простуд или полиомиелита. Благодаря выдающимся способностям заражать людей, дельта-штамм вытесняет все конкурирующие варианты с тех территорий, куда приходит. В том числе, В.1.617.2 вытеснил некоторые разновидности коронавируса, которые умели уходить от иммунитета лучше него.

Более того, ПЦР-тест находит вирусную РНК у инфицированных дельтой, в среднем, на четвертый день после контакта с больным. Среднее время первого положительного теста после контакта с носителями других вариантов SARS-CoV-2 составляло шесть дней.

Китайские ученые определили среднее время от заражения до проявления симптомов, то есть инкубационный период для дельта-штамма. Оно составило 4,4 дня против 5,2 во время первой вспышки в Ухане. Время, за которое один инфицированный заражает следующего, составило пугающие 2,9 дня — в начале 2020 года с исходным вариантом коронавируса оно колебалось около 5,7 дня[*].

Картина болезни

Дельта-штамм не только «ускоряет» болезнь, но и влияет на ее тяжесть. Наверняка утверждать это пока нельзя, но данные сразу из нескольких стран указывают, что его отличает не только рекордная заразность, но и повышенная патогенность.

Кроме того, есть отдельные свидетельства в пользу того, что заболевание, вызванное дельта-штаммом, развивается быстрее.

Если раньше у пациентов, которым приходилось ехать в больницу, ухудшение начиналось спустя примерно неделю после начала симптомов, теперь это время часто сокращается до нескольких дней.

Еще одна неприятная черта нынешней дельта-эпидемии — существенно больший процент молодых среди госпитализированных. Если в конце января больше половины тех, кто попадал с ковидом в больницу в США, составляли люди старше 65 лет, то сейчас эта категория дает только четверть всех госпитализированных.

Сейчас 41% пациентов — люди от 18 до 49 лет.

В январе их было всего 22%. Связана ли эта диспропорция с тем, что в США и Европе среди нестарых людей заметно выше доля непривитых, или с особой любовью B.1.617.2 именно к молодым — пока неясно.

Изменились и ранние симптомы ковида. У людей все чаще не пропадает обоняние.

Если в предыдущих версиях самыми характерными признаками были кашель, температура и потеря обоняния, то подхватившие дельта-вариант обычно жалуются на головную боль, боль в горле, температуру и насморк. Эти симптомы куда больше похожи на проявления обычной простуды, поэтому нередко заболевшие продолжают ходить на работу и встречаться с друзьями, полагая, что подхватили какой-то неопасный вирус.

Исчезновение из списка частых симптомов потери обоняния испортило жизнь не только коллегам заболевших — исследователи, занимающиеся сбором «народной» статистики запросов в интернете для предсказания динамики эпидемии, с приходом дельта-штамма лишились одного из самых надежных инструментов, запроса «пропало обоняние». Теперь для оценки того, как изменяется заболеваемость, им приходится полагаться на менее высокоточные запросы вроде «скорая не едет».

Уход от иммунитета

Больше всего данных есть по мутациям спайк-белка — именно на нем «завязана» способность коронавируса заражать клетки. Тримеры спайк-белка формируют одинаковые шипы, которыми она плотно покрыта. Шипы цепляются за клеточные рецепторы ACE2, после чего происходит еще несколько реакций, в результате которых вирус сливает свою мембрану с клеточной и содержимое частицы попадает внутрь.

Именно спайк-белок узнает большая часть эффективных антител, способных останавливать распространение SARS-CoV-2 в организме. Таким образом, изменяя спайк-белок, вирус может не только улучшить свою способность связываться с клеточными рецепторами, но и становиться невидимым для некоторых — или даже для всех — антител, выработанных на его предыдущие версии.

На молекулярном уровне это означает, что некоторые аминокислоты (элементарные составляющие белков) в спайк-белке дельта-штамма поменялись на другие или даже вовсе выпали, и в результате поверхность самых «видимых» для антител мест спайк-белка изменилась. Часть антител, которые раньше узнавали какой-то характерный рельеф этой поверхности, стали бесполезны, так как теперь такого рельефа в спайк-белке дельта-штамма нет. Чем меньше антител узнают важные фрагменты спайк-белка, тем больше вирусных частиц, попавших в организм, смогут заражать новые клетки, не встречая сопротивления.

В лаборатории способность сыворотки крови останавливать распространение вируса определяют при помощи реакции нейтрализации. В ходе этой реакции восприимчивые к коронавирусу клетки заражают самим патогенным вирусом или его аналогом (так называемым псевдовирусом, который не вызывает болезнь, но на поверхности несет те же белки, что и коронавирус, и точно так же ведет себя при заражении), параллельно добавляя в культуральную среду разбавленную сыворотку переболевших или вакцинированных. Чем в большее количество раз можно разбавить сыворотку до момента, когда она престанет предотвращать заражение новых клеток, тем эффективнее реакция нейтрализации.

Однако две дозы мРНК-вакцины от Pfizer/BioNTech или векторной от AstraZeneca поднимали уровень нейтрализации до приличного у всех, кто был в исследуемой группе.

Вакцинация помогает поднять уровень эффективных антител, и, хотя часть из них не работают против дельта-штамма, оставшиеся могут побороть его количеством.

Результаты, полученные в лаборатории на культурах клеток, нельзя напрямую транслировать на реальную жизнь, однако приведенные выше данные вполне убедительно показывают, что антитела после заражения предыдущими версиями коронавируса справляются с дельтой весьма посредственно, и чем больше времени прошло с момента болезни, тем хуже защита.

Мутации в генах других белков дельта-штамма изучены намного хуже. Тем не менее, именно они, видимо, отвечают за возможный более тяжелый патогенез болезни, вызываемый этим штаммом. Кроме того, изменения в генах, кодирующих полимеразу, фермент, копирующий вирусный геном, и ее вспомогательные белки, могли обеспечить «индийцу» его сверхвысокую скорость размножения. Вероятно, в недалеком будущем мы увидим работы, проясняющие этот вопрос.

Заражение привитых

Уникальные способности дельта-штамма не могли не сказаться на его взаимоотношениях с вакцинами. Так называемые real life data, то есть данные о том, как вакцина работает при реальном массовом применении, а не в ходе клинических испытаний, указывают, что B.1.617.2 способен заражать привитых намного чаще, чем предыдущие штаммы. Это, очевидно, происходит из-за того, что часть выработанных у них антител перестают «видеть» измененный спайк-белок дельта-штамма. В результате при вторжении вируса имеющейся защиты оказывается недостаточно для того, чтобы сразу подавить размножение вирусных частиц.

Особенно ярко снижение вакцинной защиты проявилось в Израиле, где на фоне распространения дельты эффективность мРНК-вакцины от Pfizer/BioNTech упала с 95% до 64%.

Эффективность прививки в отношении тяжелого течения и госпитализации изменилась не так значительно: с 97,5% до 93%.

В других странах снижение оказалось не столь драматичным: в Англии две дозы вакцины от Pfizer/BioNTech защищали от заражения дельта-штаммом с эффективностью 87,9% против 93,4% защиты против альфы. Векторная вакцина от AstraZeneca справлялась с B.1.617.2 еще хуже: ее эффективность против заражения после второй дозы составила 66,1% против альфа-штамма и 59,8% против дельта. В Канаде полный курс мРНК-вакцин давал 89% защиты против альфа-штамма и 87% против дельта.

Существенная разница в показателях защиты в разных странах может объясняться социальными причинами. В Израиле, который в начале года прививал жителей быстрее других стран, очень рано сняли практически все ковидные ограничения. Люди начали активно общаться друг с другом, что неизбежно способствовало широкому распространению вируса, причем, благодаря повышенной заразности, он начал расползаться куда быстрее предыдущих вариантов. В результате шансы на встречу с SARS-CoV-2 резко выросли как для привитых, так и для непривитых, а значит, возможностей для «пробоя» вакцинного иммунитета у «индийца» оказалось намного больше, чем, скажем, в Канаде, где сохраняются многие ограничения.

Иными словами, хотя в активной фазе размножения вируса привитые выделяют столько же частиц, сколько и непривитые, период, когда они могут заразить других людей, намного короче.

Заболевшие привитые очень редко попадают в больницу и совсем уж нечасто умирают, причем чаще всего печальный итог случается у пациентов с большим количеством сопутствующих заболеваний.

Во-первых, у таких инфицированных все же имеется достаточно много рабочих антител, которые не дают вирусу размножаться слишком быстро, во-вторых, в ходе болезни иммунная система налаживает выпуск более специфичных антител.

Что делать

Решение — ускорение вакцинации и повсеместное использование масок, особенно в помещениях, избегание массовых сборищ и прочие ограничительные меры до момента, пока существенный процент населения не приобретет иммунитет к коронавирусу.

Американские Центры по контролю и профилактике заболеваемости (CDC) — аналог российского Роспотребнадзора, но с куда более широкими полномочиями — 27 июля изменили рекомендации по ношению масок. Если в мае CDC обрадовали полностью привитых тем, что теперь им не нужно надевать маски в помещении, то в новой версии рекомендаций написано, что даже получившим полный курс иммунизации следует это делать, особенно если они живут в районах, где эпидемиологическая ситуация неблагополучна.

Хотя привитые заражаются дельта-штаммом по-прежнему очень редко — в США на конец июля было зарегистрировано около 65 тысяч таких прорывных инфекций на 160 миллионов привитых, то есть их частота составляет 0,04% — и совсем в исключительных случаях болезнь у них проходит тяжело, они могут заражать непривитых. И, что хуже, в их организмах могут формироваться новые штаммы коронавируса, устойчивые к тем антителам, которые пока еще защищают нас от вируса.

Критическим порогом, близким к достижению коллективного иммунитета, когда влияние такого отбора будет особенно значительным, авторы назвали долю в 60% привитых — однако эта оценка относится к менее заразным предшественникам дельта-штамма.

Как объясняет Кондрашов, преобладание в популяции сверхзаразного B.1.617.2 сдвинет порог ухода от антител до цифры 90%.

90% — именно столько людей должны иметь иммунитет, чтобы распространение дельты в популяции прекратилось.

Кажется, что это менее опасная ситуация, но в действительности ничто не мешает устойчивому штамму сформироваться и раньше — несколько таких штаммов уже образовывалось в разных частях света, однако позже все они были вытеснены дельтой.

Кроме того, в ситуации господства B.1.617.2 новый уходящий от антител штамм, вероятнее всего, сформируется именно на его основе, а это означает, что он будет сочетать в себе два крайне неприятных для людей качества: способность ускользать от иммунитета и быстро распространяться.

[*] В Китае благодаря относительно небольшому числу заболевших и сверхтщательным и очень масштабным мерам по выявлению всех инфицированных медицинские власти находят всех, кто был заражен в каждом инфекционном кластере.

Источник

• Популярная книга Круть доступна для чтения прямо сейчас на нашем сайте boochi.ru. Скачать книгу в формате FB2, TXT, PDF, EPUB бесплатно без регистрации. →